Rođen je 12. jula 1874. u Novom Sadu. Studije Filologije i istorije završio je u Beču kao učenik Vatroslava Jagića i Konstantina Jiričeka. Stanojević je doktorirao na temu Biografija Stefana Lazarevića od Konstantina Filozofa kao istorijski izvor. Docnije se Školuje i u Petrogradu i Moskvi gde zajedno sa Jovanom Radonićem upoznaje V. Vasiljevskog, jednog od najznamenitijih ondašnjih vizantinologa.  Nakon kratke epizode porfesorovanja u srpskoj gimnaziji u Carigradu, Stanojević je 1900. izabran na mesto docenta srpske istorije na Velikoj školi u Beogradu. Kada Predsednik vlade nije želeo da potvrdi takav izbor, Što je po onovremenom zkonu bilo neophodno, Stanojević je godinu dana boravio u Minhenu uz slavnog vizantinologa Karla Krumbahera. Univerzitetsku karijeru u Beogradu, Stanojević ipak započinje iste godine. Redovni profesor Stanoje Stanojević je postao 1903., sa nepunih trideset godina.

   Sa uzdizanjem Velike Škole u rang Univerziteta Stanojević je iznova stavljen na raspoloženje. Iste, 1904. ponovo je izabran za Vanrednog profesora ali i za člana Srpske kraljevske akademije.

   U vremenima rata Stanojević u stranu stavlja profesuru. Pokrenuo je bioblioteku Savremena pitenja u okviru koje objavljuje i svoje delo Šta to hoće Srbija?. Posle propasti Srbije Stanojević po nalogu srpske vlade obilazi svetske univerzitete. Kao neki intelektualni Kozma Mediči on 1916.,1917. I 1918. predaje na najuglednijim univerzitetima u Petrogradu, Parizu, Londonu iponovo u Parizu. Predavao je srednjovekovnu srpsku istoriju, ali i radio za svoju zemlju u čijoj je delegaciji ostao za vreme Pariske mirovne konferencije. Stanojević je bio i  jedan od pokretaća dnevnog lista Politika. Godine 1928. bio je organizator Istorijskog druŠtva u Novom Sadu i direktor Glasnika društva a, od 1935. do 1937. bio je predsednik Jugoslovenskog istorijskog društva i direktor Jugoslovenskog istorijskog časopisa.

   Dva najznamenitija Stanojevićeva dela su Istorija Srba, popularno pisana istorija srednjovekovne Srbije, koju je uskoro donekle u zasenak bacila Jiričekova Istorija Srba i Narodna enciklopedija srpsko-hrvatsko-slovenačka čiji je organizator bio između 1924 i 1929.  godine.

  Zapaženi su njegovi radovi:Stara srpska vojska, Kad je umro kralj Radoslav?, Izvori Nemanjinih biografija, Borba za nasledstvo Balšino